Né le 30 avril 1993 à Louvain, Hendrik Van Crombrugge fait ses débuts en D1A du côté de Saint-Trond le 9 septembre 2011 contre Genk. Lors de la relégation des Canaris en D1B, Van Crombrugge résilie son contrat et rejoint Eupen en 2013. Chez les Pandas, Van Crombrugge devient titulaire indiscutable et même le capitaine de la formation germanophone. Après six ans au Kehrweg, Van Crombrugge rejoint le Sporting d'Anderlecht contre un chèque de 2,2 millions d'euros. Van Crombrugge s'impose et devient même capitaine du club bruxellois. Après le départ de Felice Mazzù, Hendrik Van Crombrugge est poussé vers la sortie par Anderlecht qui lui préfère Bart Verbruggen. Hendrik Van Crombrugge devient même entraîneur intérimaire des gardiens du club bruxellois jusqu'à la fin de la saison 2022-2023 après le départ de Frank Boeckx. 

Van Crombrugge fête sa première et unique sélection chez les Diables Rouges le 8 octobre 2020 lors d'un match amical contre la Côte d'Ivoire (1-1)en montant à la 77ème minute de jeu pour remplacer Simon Mignolet. 

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